前任院长蛭间重胜(西田敏行 饰)（西田敏行饰）被赶走一年后，东帝大学医院降生了第一位女性院长，她提出“患者优先”的口号，最先举行大刀阔斧的开革，扫除医局的糜烂。可是盘踞在医院确当权者们为了夺回自己的利益，再起以绝对权力和森严品级统驭的“玄色巨塔”，最先漆黑活动。左迁至东帝大学医院知床分院的蛭间重胜也摩拳擦掌。天才的外科医生大门未知子(米仓凉子 饰)（米仓凉子 饰）与被污染的医疗组织睁开正面临决。