清乾隆(郑少秋 饰)年间，江南武林红花会总舵主于万亭带同四当家文泰来夜闯清廷禁宫。总舵主于万亭见过乾隆后，遭清兵辣手，死前立下遗命，由年轻义子陈家洛(乔振宇 饰)接任总舵主之位，红花会上下准备最盛大的接任大礼。　　隐身于陕西扶风延绥镇总兵李可秀家为西宾的武当派名宿陆菲青，随主人新迁浙江水陆提督前往江南的途中，遇上并加入仪式，却被朝廷鹰爪困在三道沟客栈，被文泰来等相救，将他们荐至周仲英处避难。　　适逢周仲英外出，朝廷鹰爪尾随前来，酣战之余，文泰来被捕，骆冰(齐芳 饰)与余鱼同(吴浩康 饰)逃出。周仲英外出归来，恼怒异常，红花会众英雄赶来铁胆庄，因误以为文泰来被出卖，双方交手，混战一场。红花会新任总舵主陈家洛赶来以百花错拳胜周仲英，后得知周仲英之子只有十岁，才知错怪对方，握手言和。　　为救文泰来，众英雄切断镖行车队与为抢回圣物的一部落相遇，陈家洛脱手相救，与霍青桐(汪明荃 饰)相互惺惺相惜，并肩作战，几经波折，终于为霍青桐取回圣物。李沅芷女扮男装前来助战，与霍青桐欢笑戏闹，陈家洛以为霍青桐心有所许，霍青桐知陈家洛误会，一时间难明释明确，告辞而归，临行前将自己珍藏的一把短剑赠予给陈，并言其中隐藏着一个大神秘。　　陈家洛游西湖之时，与自称东方耳的乾隆相识，后双方交锋，乾隆被击败，恼羞成怒。陈家洛得空回老家祭扫怙恃之坟，却意外遇见在这里偷偷省墓的乾隆，双方约定互不危险。陈家洛从文泰来处得知乾隆是自己的亲哥哥，物证在陈家洛的师父天池怪侠那里之时，张召重返回，二人出奇不料，点中穴位，将其击倒，文泰来遂假扮张召重而出，被李可秀识破，陈家洛只好单身而返。陈家洛等借花船点状元之机，设计使名妓玉如意将乾隆引至家中捉住，囚在六和塔中，软硬兼施，情威并用，与乾隆一同订下驱清复明的大计。只有赶来刺杀乾隆的天山双鹰伉俪二人决不相信天子，不加入盟誓。　　为反清复明，众人四散联络人手。余鱼同为避李沅坐船独行，遇上关东三魔及对头言伯干等，一再遇险，仗机敏逃出，幸亏李沅芷假扮他引开众人，才得脱险。陈家洛为送信，单骑匹马赶往西疆，途中遇见人称香香公主(颖儿 饰)未知是霍青桐之妹，为其漂亮所吸引，香香公主也爱上了陈家洛。　　霍青桐识破清军阴谋，大北清军。胜后，霍青桐带病出走，途遇关东三魔，险遭污辱，幸得师父天山双鹰赶到救出。陈家洛此时方知李沅芷女扮男装，后悔自己辜负了霍青桐的一片芳心，与香香公主一同追赶，途中先后遇见狼群和张召重、关东三鹰、霍青桐，众人为抗恶狼暂时联手。陈家洛用霍青桐赠予他的短剑杀狼时，恰巧解开了其中的神秘，遂和霍青桐、香香公主逃出狼群，躲入迷城古洞，并得了一套奇高的武功。电视剧书剑恩仇录剧照　　陈家洛师父袁士霄为祛除群狼，设置一土城，用牛、马等将狼群引入城中。陈家洛用新学武功击败张召重，将其投入狼群之中。其间余鱼同得知师父马真被张召重所害，脱下袈裟誓为师父报复，李沅芷借其报复心切，设计陆菲青从中笼络，二人终于订下终身。　　陈家洛从师父处取得有关乾隆身世的秘证，南下福建少林寺，欲相识义父被逐出少林的缘故原由，经由连场比试，依附武功与机智，弄清了所有事实真相。　　香香公主被擒，乾隆欲据为已有，陈家洛与乾隆相见，以国家利益为重，允许资助劝说香香公主;香香公主含泪允许了陈家洛，后发明乾隆并不真想反清复明，遂自杀示警，陈家洛伤心之余，抱着最后一线希望进入皇宫，险被毒死。众英雄大开杀戒，天山双鹰与红花会十当家章进身亡，最后捉住乾隆。　　霍青桐正欲杀之为父、兄、妹及族人报复时，安徽巡抚方有德突然抱婴儿泛起。原来他与侍卫火烧福建少林寺抢得周绮之子来京向乾隆报功。他以婴儿性命相威胁，众人不忍见婴儿死于横死，遂放弃杀乾隆之念，生擒乾隆之私生子？蛋渤龉，迫使乾隆不与红花会为难。众人赶至香香公主之坟，翻开后只见一滩碧血，香香公主的遗体已化作一缕香魂，陈家洛挥毫题上《香冢》诗词，并作铭后凄然而去，与红花会众英雄前往西疆栖身。