1980年2月19日，马琳出生在沈阳市沈河区。在马琳入选中国队两年后，他的怙恃相继下岗。为了不影响马琳在中国队的训练，伉俪俩决议暂时对他保密。马琳怙恃向亲戚借了几万元，在市区里开了一家小饭店，为了节约开支，他们既当老板，又当效劳员，天天都累得腰酸背痛。

1992年，汕头一位民营企业家出资赞助组建汕头市乒乓球学校和少年乒乓球队，主教练就是刘铭水。第二年，天下少年赛上，马琳及另外几名选手均被引进到汕头，汕头队还从天下其他地方引进了多名小选手，包括刘国正、谭瑞午、张钰、李潮、丁颖。

刘铭水教练说，汕头市乒乓球学校一名运发动的训练时间至少是一天7个小时，训练量大提要比其它地区的运发动多出1/3。而马琳的训练态度很是认真，尤其是备战广东省九运会时代，训练量大，训练时间长。接纳直板打法的马琳除了苦练发球外，更苦练多球往返，这需要大规模的跑动，以是他练得相当受苦，一周就练坏一双运动鞋。

1994年，在广东省运会上，马琳一口吻为汕头队拿下乒乓球单打、双打和整体3枚金牌。厥后，14岁的马琳在天下青少年角逐中就夺得了他人生中第一个男单冠军。在那场角逐中，他被蔡振华教练相中，最先了他的国家队生涯。

1996年亚洲杯男单冠军，亚锦赛混双冠军，男单第三。

1997年美国果真赛男单亚军，世乒赛男双第五，亚洲杯男单冠军。

1998年亚锦赛男团、男双冠军，马来西亚果真赛男单冠军，中国和黎巴嫩果真赛男单亚军，天下杯男单第五。

1999年第45届世乒赛混双冠军（与张莹莹）、男单亚军；天下俱乐部锦标赛男团冠军，国际乒联巡回赛总决赛男双冠军；澳大利亚果真赛男单冠军。

2000年瑞典、波兰果真赛男双冠军，日本果真赛男单亚军，天下杯男单冠军，第45届世乒赛男团亚军。

2001年第46届世乒赛男团冠军，男单第三，男双、混双八强；九运会男单、男双冠军；丹麦果真赛男单冠军、男双亚军；日本果真赛男单四强、男双冠军；中国果真赛男单、男双亚军，国际乒联巡回赛总决赛男单冠军。

2002年美国果真赛男单、男双冠军，德国果真赛男单、男双冠军，波兰、丹麦果真赛男单冠军，荷兰果真赛男双冠军，国际乒联总决赛男双冠军，亚运会男团冠军，男双第三。

2003年第47届世乒赛混双（与王楠）冠军、男双（与秦志戬）四强，韩国、中国、丹麦果真赛男单、男双冠军，日本果真赛男单四强、男双冠军，德国果真赛男单亚军，瑞典果真赛男双冠军，国际乒联总决赛男双冠军，天下杯冠军。

2004年第47届世乒赛男团冠军，国际乒联巡回赛希腊站、新加坡站男双冠军、男单亚军，无锡站男单、男双冠军，总决赛男双冠军，男单亚军，雅典奥运会男双冠军，天下杯冠军。

2005年卡塔尔果真赛男单、男双亚军，中国果真赛(哈尔滨站)男双亚军，第48届世乒赛男单亚军，男双第三名(与陈^)，天下杯男单第三名。

2006年卡塔尔果真赛男单亚军，科威特果真赛男单、男双冠军，第48届不来梅世乒赛男子整体冠军，天下杯男单冠军，多哈亚运会整体冠军、混双冠军（与王楠）、男双（与陈^）亚军、男单亚军。

2007年萨格勒布世乒赛亚军，整体天下杯冠军；克罗地亚果真赛男双冠军（与王皓），卡塔尔果真赛男单冠军，科威特果真赛男单亚军，公共汽车南京果真赛男单冠军、男双亚军（与王励勤），松下深圳果真赛男双冠军（与王皓），法国果真赛的男单和男双（与王皓）冠军，德国果真赛男单亚军，国际乒联职业巡回赛总决赛男单冠军、男双亚军（与王皓），大王者杯（长沙）亚军。

2008年科威特乒乓球果真赛男双（与陈^）冠军（3月），国际乒联职业巡回赛卡塔尔站冠军（3月），中国乒乓球果真赛（长春）男团冠军（5月），日本乒乓球果真赛男单冠军（5月），国际乒联巡回赛韩国站男单亚军、男双亚军（6月），北京奥运会乒乓球男子整体冠军，男子单打冠军（8月）。

2009年科威特果真赛男双冠军、卡塔尔果真赛男单亚军。横滨世乒赛男单第三名。

2010年天下锦标赛男团决赛中，广东队依附着马琳接连战胜王皓、陈^，以及张超在决胜盘力克陈^的体现，击败解放军队，时隔13年再夺天下冠军。广州亚运会男团冠军（马琳，王皓，马龙，张继科，许昕），男双亚军（与许昕)，2010国际乒乓球精英赛德国的不伦瑞克站男单亚军。长虹巨匠杯中国乒乓球总决赛男单亚军。

2011年国际乒联巡回赛斯洛文尼亚果真赛男单亚军。国际乒联巡回赛果真赛英国站男单亚军。马琳/王皓获男双亚军。国际乒联巡回赛卡塔尔果真赛马琳/张继科获男双亚军。国际乒联巡回赛阿联酋果真赛马琳/张继科获男双冠军。德国乒乓球果真赛中马琳/王皓获男双亚军。第51届鹿特丹世乒赛同陈^获得男双亚军；男单八强。2011中国乒乓球果真赛马琳/张继科获男双亚军；男单冠军。

2011年6月21日，雅居乐地产“直横大战”，由王皓、马琳和柳承敏组成的直板队，2：3不敌由波尔、张继科和马龙组成的横板队，一连第二次横板队失利。

2011年6月25日，在上海举行的2011年中国对天下联队挑战赛，由马龙、许昕、马琳组成的中国队以4-1战胜由波尔、水谷隼和朱世赫组成的天下联队。

2011年9月10日，所在的浙商银行队获得2011年乒超联赛男子整体冠军。

2011年国际乒联巡回赛奥地利果真赛男单4强。

2011奥地利乒乓球果真赛马琳/张继科双打亚军。

2011天下乒乓球锦标赛马琳/王皓获男双冠军；男单亚军。

2012年，马琳入选中国男子乒乓球队征战多特蒙德整体世乒赛阵容，再次随队获得冠军。虽然此时的马琳仍是国家队中不可或缺的一员，但由于状态已随年岁的增大而日渐下滑，马琳最终落选了同年8月的伦敦奥运会参赛阵容，但仍以陪练队员身份随队出征奥运会乒乓球角逐。

2013年第52届世乒赛，马琳在男单角逐中负于日本选手松平健太，止步第二轮；男双角逐中，他和郝帅相助，打进决赛，但负于中华台北组合庄智渊/陈建安，以一个亚军的效果竣事最后一届世乒赛之旅。

2013年12月7日正式宣布退出中国国家乒乓球队。